向前追溯，可以上溯到1952年南京教師進(jìn)修學(xué)校、1958年南京師專(zhuān)、1927年南京曉莊師范學(xué)校中的相關(guān)專(zhuān)業(yè)和教師。成建制的系科沿革如下：

在幾十年的建設(shè)和發(fā)展中，院系整體規(guī)模和辦學(xué)實(shí)力不斷提高，專(zhuān)業(yè)不斷擴(kuò)充，經(jīng)歷了從無(wú)到有，從小到大，從少到多的發(fā)展歷程，培養(yǎng)了各種類(lèi)型的學(xué)生。文革后，南京教育學(xué)院先后開(kāi)辦生物、地理、化學(xué)專(zhuān)業(yè)高師專(zhuān)科系統(tǒng)進(jìn)修班和教材教法進(jìn)修班。在職中學(xué)教師的大專(zhuān)層次脫產(chǎn)班和普通高校招生考試的大專(zhuān)班。南京師專(zhuān)地理系（科）自84年起，每年招收全日制地理教育專(zhuān)業(yè)一個(gè)班。南京師專(zhuān)教院成立后，生物系每年正常招收普通高校招生生物教育專(zhuān)業(yè)學(xué)生。該專(zhuān)業(yè)學(xué)制自1996年起二年制轉(zhuǎn)為三年制專(zhuān)科；并分別于1997、1998、1999年先后與南京師大聯(lián)辦四年制本科，2000年獨(dú)立招收生物科學(xué)（師范），承辦。1998年起招收營(yíng)養(yǎng)與保健專(zhuān)科班，2005年起招收生物科學(xué)（生物技術(shù)方向）本科生，2006年起招收生物科學(xué)（動(dòng)植物檢疫）本科生。

2006年起開(kāi)始分別招收生物科學(xué)專(zhuān)業(yè)專(zhuān)轉(zhuǎn)本學(xué)生。2005年起，本院教授分別與南京師范大學(xué)、徐州師范大學(xué)、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)、安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)等高校聯(lián)合培養(yǎng)碩士研究生。

2009年7月由原生命科學(xué)系、化學(xué)系和地理科學(xué)學(xué)院合并組建了生物化工與環(huán)境工程學(xué)院。2014年11月，撤銷(xiāo)原“生物化工與環(huán)境科學(xué)學(xué)院”建制，成立“食品科學(xué)學(xué)院”。繼續(xù)招收生物科學(xué)（師范）專(zhuān)業(yè)本科生，2009年起，招收食品科學(xué)與工程專(zhuān)業(yè)本科生，2016年起，招收食品質(zhì)量與安全專(zhuān)業(yè)本科生。2019年起，招收小學(xué)教育（科學(xué)）專(zhuān)業(yè)本科生。